Hm... Trzeba powiedzieć, że sposobów na zamaskowanie otworów jest wiele. Nie trzeba, jak napisałeś, "ebonizować" skrzyni. Trochę to dziwne że piszesz o ebonizacji, bo skrzynia jest raczej w odcieniu orzecha średniego i nie ma potrzeby ebonizacji. Ebonizacja dla mnie to przygotowanie drewna na imitację hebanu. Spotkałem się z takimi skrzyniami , nawet mam kilka takich (wiedeńczyki) , ale tu jak piszesz jest to niepotrzebne.
Gdyby łączenia nie dawały gwarancji dobrego sklejenia, można w miejsce wyciągniętych gwoździ wstawić cienkie kołki (np wykałaczki) - poprawi to stabilność całości konstrukcji. Miejsca po łebkach gwoździ można delikatnie uzupełnić kitem stolarskim (sprzedają kilka rodzajów) w odpowiednim kolorze (polecam o jedną dwie tonacje jaśniejszy), a następnie po wyschnięciu zastosować punktowo wosk. Zegar na oko miał politurę jako wykończenie. Pozwoli to na prawie niewidoczne "załatanie" dziur.
Szkoda ż nie pokazałeś zdjęć skrzyni przed podjęciem renowacji ... 😉