Koledzy to nie tak działa.
Po pierwsze projekt zamienny składasz do Starostwa Powiatowego w celu zmiany decyzji PnB ( wtedy, gdy w trakcie realizacji budynku planujesz zmiany kwalifikowane w prawie budowlanym jako istotne). W każdym innym przypadku, czyli tzw. zmian nieistotnych projektant nanosi na oryginalny projekt budowlany zmiany na czerwono, w zależności od potrzeb załącza dodatkowy opis tych zmian, a w oświadczeniu kierownika budowy o zakończeniu robót budowlanych wpisuje, że dokonano zmian nieistotnych. Z tak przygotowanymi dokumentami (oraz innymi, wymaganymi prawem do zakończenia budowy) idziesz do Powiatowego Inspektora Nadzoru Budowlanego z zawiadomieniem o zakończeniu robót budowlanych, ew. z wnioskiem o wydanie pozwolenia na użytkowanie (czy masz obowiązek uzyskania PNU sprawdzisz sobie w decyzji PnB).
Urzędnik łaski nie robi, bo nie od tego jest 😉.
EDIT: Co do pytania o to, czy możesz złożyć projekt zamienny do już złożonego zamiennego, dla którego wydano Ci decyzję o zmianie decyzji o pozwoleniu na budowę to tak, możesz. Bez limitu. Prawo nie ogranicza ilości zmian decyzji PnB.